CRISPR-Directed In Vitro Gene Editing of Plasmid DNA in environmental technologies
| Téma: | Využití in vitro CRISPR pro editaci genů plazmidové DNA v enviromentálních technologiích
|
| Topic: | CRISPR-Directed In Vitro Gene Editing of Plasmid DNA in environmental technologies
|
| Školitel/Tutor: | prof. Mgr. Marek Koutný, Ph.D. |
| Konzultant/Consultant: | Ing. Pavel Pleva, Ph.D. |
| E-mail: | mkoutny@utb.cz |
| Anotace: | |
| Přesná genetická manipulace je důležitá pro studium mikrobiální fyziologie, ale u některých zástupců prokaryotických druhů je obtížně dosažitelná. Využití CRISPR spočívá nejen v genetických manipulacích, ale i v detekci a stanovení exprese genů, které jsou významné v environmentálních technologiích.
Cílem práce bude hledání možností využití CRISPR technologie ve studiu environmentálních procesů metabolizmu buněk. Dílčími cíli bude využití CRISPR pro měření exprese vybraných genů a knockoutu vybraných genů souvisejících s metabolismem prokaryotických buněk izolovaných ze životního prostředí.
|
|
| Annotation: | |
| Precise genetic manipulation is vital to studying microbial physiology, but is difficult to achieve in some prokaryotic cells. The CRISPR/Cas9 technology is not only used in genetic engineering but also to detect and determine gene expressions which are important for environmental technologies.
The aim of this study is looking for the possibilities of using CRISPR/Cas9 technology for studying of environmental processes in cell metabolism. Partial goals are the usage of CRISPR/Cas9 technology for measuring the selected gene expressions and knockout of selected genes related to metabolism of prokaryotic cell microorganisms isolated from the environment. |
|
| Požadavky na studenta: | |
| Absolvent magisterského studia technického, nebo přírodovědného směru. Zájem o další vzdělávání a experimentální práci. | |
| Requirements: | |
| Graduates of technical or natural sciences. Interest in further educational and experimental work. | |
| Literatura/Literature: | |
| Web of Science, Scopus
1. BLEVINS, H. M. et al., 2018. Characterization of an Extracellular Polyhydroxyalkanoate Depolymerase from Streptomyces sp. SFB5A. Journal of Bioremediation & Biodegradation. 09(05), 1-11. ISSN 21556199. Dostupné z: doi:10.4172/2155-6199.1000452 2. GANESH SARATALE, Rijuta, Si-Kyung CHO, Ganesh DATTATRAYA SARATALE, et al., 2021, A comprehensive overview and recent advances on polyhydroxyalkanoates (PHA) production using various organic waste streams. Bioresource Technology. ISSN 09608524. Dostupné z: doi:10.1016/j.biortech.2021.124685 3. LI, Linxian, Shiyuan LI, Na WU, Jiacheng WU, Gang WANG, Guoping ZHAO a Jin WANG HOLMESv2. 2019. A CRISPR-Cas12b-Assisted Platform for Nucleic Acid Detection and DNA Methylation Quantitation. ACS Synthetic Biology, 8(10), 2228-2237. ISSN 2161-5063. Dostupné z: doi:10.1021/acssynbio.9b00209 4. LI, Yi, Shiyuan LI, Jin WANG a Guozhen LIU. 2019, CRISPR/Cas Systems towards Next-Generation Biosensing. Trends in Biotechnology. 37(7), 730-743. ISSN 01677799. Dostupné z: doi:10.1016/j.tibtech.2018.12.005 5. LU, J., R. C. TAPPEL a C. T. NOMURA, 2009. Mini-Review: Biosynthesis of Poly(hydroxyalkanoates). Polymer Reviews. 49(3), 226-248 [cit. 2021-01-04]. ISSN 1558-3724. Dostupné z: doi:10.1080/15583720903048243 6. MARTÍNEZ-TOBÓN, D. et al., 2019. Streamlined production, purification, and comparison of recombinant extracellular polyhydroxybutyrate depolymerases. BioRxiv. 1-22. Dostupné z: doi:10.1101/700252 7. PRAJAPATI, Karan, Radhika NAYAK, Arpit SHUKLA, Paritosh PARMAR, Dweipayan GOSWAMI a Meenu SARAF, 2021, Polyhydroxyalkanoates: An Exotic Gleam in the Gloomy Tale of Plastics. Journal of Polymers and the Environment. ISSN 1566-2543. Dostupné z: doi:10.1007/s10924-020-02025-x 8. SHARMA, P. K. et al., 2019. Colonization and degradation of polyhydroxyalkanoates by lipase-producing bacteria. Canadian Journal of Microbiology. 65(6), 461-475. ISSN 0008-4166. Dostupné z: doi:10.1139/cjm-2019-0042 9. VIGNESWARI, S. et al., 2015. Extracellular Polyhydroxyalkanoate Depolymerase by Acidovorax sp. DP5. Enzyme Research. 2015, 1-8. ISSN 2090-0406. Dostupné z: doi:10.1155/2015/212159
|
|