DNA sequencing and analysis of the soil microbiome as a method for monitoring environmental risks
| Téma: | Sekvenace a analýza DNA půdního mikrobiomu jako metoda pro sledování environmentálních rizik |
| Topic: | DNA sequencing and analysis of the soil microbiome as a method for monitoring environmental risks |
| Školitel/Tutor: | prof. Mgr. Marek Koutný, Ph.D. |
| Konzultant/Consultant: | Ing. Jana Šerá, Ph.D. |
| E-mail: | mkoutny@utb.cz |
| Anotace: | |
| Zajímá vás, jak funguje svět pod našima nohama? Chcete prozkoumat skrytý svět mikroorganismů v půdě? Dál nehledejte! Nejnovější molekulárně biologické metody, včetně next generation sequencing, poskytují vzrušující nové příležitosti ke zkoumání půdního mikrobiomu a odhalování toho, jak reaguje na různé faktory životního prostředí, jako jsou chemikálie a mikroplasty.
Jako mladý výzkumník se můžete této fascinující výzvě postavit prováděním experimentů v modelových prostředích nebo shromažďováním vzorků z terénu. Budete v popředí převratného výzkumu, který by mohl mít hluboký dopad na to, jak rozumíme a řídíme naše ekosystémy. A to není vše! Vaše výsledky budou publikovány, takže přispějete celosvětové vědecké komunitě a pomůžete posouvat naše chápání přírodního světa. Takže, ať už vás zajímá věda o životním prostředí, biologie nebo jen chcete něco změnit, připojte se k nám a prozkoumejte vzrušující svět půdního mikrobiomu! |
|
| Annotation: | |
| Are you interested in understanding how the world beneath our feet works? Do you want to explore the hidden world of microorganisms in soil? Look no further! The latest molecular biological methods, including next generation sequencing, provide exciting new opportunities to investigate the soil microbiome and uncover how it responds to different environmental factors such as chemicals and microplastics.
As a young researcher, you can take on this fascinating challenge by conducting experiments in model environments or collecting samples from the field. You’ll be at the forefront of groundbreaking research that could have a profound impact on how we understand and manage our ecosystems. And that’s not all! Your results will be published, so you’ll be contributing to the global scientific community and helping to advance our understanding of the natural world. So, whether you’re interested in environmental science, biology, or just want to make a difference, join us in exploring the exciting world of the soil microbiome! |
|
| Požadavky na studenta: | |
| Absolvent magisterského studia technického, nebo přírodovědného směru. Zájem o další vzdělávání a experimentální práci. | |
| Requirements: | |
| Graduates of technical or natural sciences. Interest in further educational and experimental work. | |
| Literatura/Literature: | |
| 1. Web of Science, Scopus
2. Pribyl, D.W.: A critical review of the conventional SOC to SOM conversion factor, Geoderma, 156(3-4), 75-83 (2010). 3. Tokarski, D., Kučerík, J., Kalbitz, K., Demyan, M.S., Merbach, I., Barkusky, D., Ruehlmann, J., Siewert, C.: Contribution of organic amendments to soil organic matter detected by thermogravimetry, Journal of Plant Nutrition and Soil Science, 181(5), 664-674 (2018). 4. David, J., Weissmannová, H.D., Steinmetz, Z., Kabelíková, L., Demyan, M.S., Šimečková, J., Tokarski, D., Siewert, C., Schaumann, G.E., Kučerík, J.: Introducing a soil universal model method (SUMM) and its application for qualitative and quantitative determination of poly(ethylene), poly(styrene), poly(vinyl chloride) and poly(ethylene terephthalate) microplastics in a model soil, Chemosphere, 225, 810-819 (2019). 5. Kučerík, J., Svatoň, K., Malý, S., Brtnický, M., Doležalová-Weismannová, H., Demyan, M.S., Siewert, C., Tokarski, D.: Determination of soil properties using thermogravimetry under laboratory conditions, European Journal of Soil Science, 1–5 (2019). 6. Andersen, R., Grasset, L., Thormann, M.N., Rochefort, L., Francez, A.-J.: Changes in microbial community structure and function following Sphagnum peatland restoration, Soil Biology and Biochemistry, 42(2), 291-301 (2010). 7. Gil-Sotres, F., Trasar-Cepeda, C., Leirós, M.C., Seoane, S.: Different approaches to evaluating soil quality using biochemical properties. Soil Biology and Biochemistry, 37(5), 877-887 (2005). |
|